Se desarrollan líneas de investigación relacionadas con la presencia de biotoxinas producidas por microalgas y sus efectos sobre los organismos de importancia comercial. El estudio de los florecimientos de fitoplancton nocivo en la zona costera, incluyendo lagunas costeras y estanques de cultivo de camarón, forma parte de las investigaciones que se realizan en el Laboratorio.
Con el propósito de contribuir a la investigación de la producción de toxinas por el fitoplancton y a la prevención de riesgos de salud por el consumo de moluscos contaminados con ficotoxinas, se lleva a cabo un programa de monitoreo de la calidad del agua y de los niveles de toxinas paralizantes en moluscos en la bahía de Mazatlán.
Se cultivan microalgas de agua dulce, salobre y marina, nutritivas y productoras de toxinas para diversas aplicaciones.
Se realizan experimentos de exposición de organismos de importancia comercial a microalgas tóxicas para evaluar su acumulación y efectos en condiciones controladas. Se aplican experimentalmente métodos de control de microalgas con floculantes naturales con el fin de disminuir las pérdidas económicas por la presencia de fitoplancton nocivo en sistemas de cultivo y zonas costeras semi-cerradas.