En esta área de investigación se estudian los ecosistemas acuáticos epicontinentales, principalmente lagos, embalses, ríos y humedales. La visión del estudio de los cuerpos de agua es interdisciplinaria, requiere de la Física, la Química, la Geología y la Biología. Los proyectos limnológicos que cultiva el ICML se enfocan a hidrología, sedimentología, biogeoquímica, microbiología, contaminación y biodiversidad.
La aplicación de estos estudios en la vida cotidiana permiten llevar a cabo diagnósticos y de la calidad del agua, la determinación del estado tróficos de los sistemas, el diseño de áreas para la conservación a partir de su biodiversidad.
Las subdisciplinas de la Limnología que se desarrollan en el ICML son:
