Conocer el origen y la presencia de componentes químicos en los sistemas acuáticos permite entender el funcionamiento de los ecosistemas y evaluar el impacto de las actividades humanas en los mismos. La composición química de agua, sedimento y organismos ha permitido: establecer normas que definen la salud de los sistemas acuáticos, permiten inferir el origen de los componentes químicos presentes en el sistema definen el movimiento de las masas de agua y de sedimentos superficiales en las zonas costeras, temáticas que se cultivan en el ICML.

La geoquímica  acuática igualmente es una herramienta que juega un papel importante ya que aporta datos más específicos del tiempo, cantidad, conservación o degradación de diferentes elementos, metales pesados, ciclaje de nutrientes entre otros, que muchas veces se convierten en contaminantes y con este tipo de análisis se generan proyectos de biorremedación para sistemas marinos, costeros y limnológicos.

Las subdisciplinas que se cultivan en el ICML son: