El ICML ha cultivado la Oceanografía Biológica y la Biología de los ecosistemas Acuáticos por varias décadas. Los estudios que desarrollan cubren diversas escalas desde la molecular (proteínas), intracelular (simbiosis) hasta la de paisaje (arrecife, hábitat béntico de profundidad) a nivel de microorganismos, plantas marinas (fitoplancton, algas simbiontes, pastos marinos, manglares) invertebrados y vertebrados.
Los proyectos son de diversas índoles, algunos de ellos multidisciplinarios que analizan en conjunto las relaciones de los seres vivos entre sí y su entorno en ambientes acuáticos epicontinentales, costeros y oceánicos.
Las subdisciplinas que se cultivan en el ICML son: