Se constituyó a la par que el Centro de Ciencias del Mar y Limnología de la UNAM, en 1973, considerando a la Malacología como una de las disciplinas emergentes en el área de la Oceanografía biológica y pesquera. En 1981, con la transformación del Centro en Instituto (ICML), se ratificó su importancia y ha venido consolidándose con investigaciones sobre la biología, sistemática y ecología de los moluscos marinos y salobres de México. En sus primeros años se llevaron a cabo estudios sobre el ciclo de vida y desarrollo gonádico de ostras y almejas, que sustentaron la normatividad para sus pesquerías. Posteriormente, se han desarrollado investigaciones en torno a la exploración de la diversidad de moluscos y análisis de poblaciones y comunidades en ecosistemas costeros mexicanos (lagunas y estuarios), tanto del Pacífico como del golfo de México y mar Caribe que, con la adquisición de los buques oceanográficos de la UNAM, se han extendido a plataforma y talud continentales. Simultáneamente, con la recolección de material biológico se ha integrado una de las colecciones de moluscos más importantes de México, que lleva el nombre de su fundador, “Colección Malacológica Dr. Antonio García-Cubas” (Acrónimo: COMA), con sede en el Laboratorio de Malacología, y cuya curación y estudio han derivado en la formación de estudiantes de servicio social, elaboración de tesis, bases de datos, catálogos taxonómicos y otras publicaciones científicas y de divulgación.