El laboratorio de Ecología Microbiana Acuática estudia la estructura, dinámica y distribución de las comunidades microbianas en sistemas marinos y epicontinentales y su relación con los ciclos biogeoquímicos, principalmente el ciclo del nitrógeno (ej.: fijación de nitrógeno, nitrificación, desnitrificación, DNRA y anammox) y el cambio global. El estudio de la dinámica de estas comunidades lo llevamos a cabo principalmente mediante biología molecular, como PCR en tiempo real de genes funcionales implicados en el ciclo del nitrógeno, secuenciación masiva de amplicones del gen 16S rDNA y metagenómica de la diversidad taxonómica y funcional de bacterias, arqueas y virus.