Las actividades del laboratorio también contemplan la participación en la caracterización del ecosistema de mar profundo del suroeste del Golfo de México en aspectos tales como: patrón de corrientes, concentración de metales e hidrocarburos en agua, sedimentos y peces, composición, bacterias degradadoras de hidrocarburos, distribución y abundancia de fitoplancton, zooplancton, macro y megafauna bentónica.

Asimismo, se participa en un proyecto dirigido a avanzar en la comprensión de los procesos y mecanismos involucrados con grandes derrames de hidrocarburos y sus consecuencias en los ecosistemas marinos. Para ello se determinan los contenidos de hidrocarburos en sedimentos y peces, el impacto de los hidrocarburos en organismos y comunidades bénticas con el fin de evaluar las respuestas a largo plazo y los procesos recuperación del ecosistema marino ante grandes derrames de hidrocarburos en el ambiente marino. Para ello se comparan los procesos relacionados con los dos grandes derrames de hidrocarburos ocurridos en el Golfo de México: IXTOC I (1979) y Deepwater Horizon (2010).