En el laboratorio se llevan a cabo trabajos de investigación de campo y de laboratorio. Desde el año 2009 se han venido efectuando cruceros oceanográficos en el Pacífico central mexicano, con la participación activa de colegas profesores e investigadores de varias instituciones y estudiantes de varios niveles para estudiar las estructuras de las comunidades de fitoplancton y su relación con las condiciones oceanográficas, en particular el fitoplancton tóxico y nocivo (“mareas rojas”), así como la distribución vertical del fitoplancton y especialmente del picofitoplancton de la zona de estudio. Varios estudiantes se han graduado con materiales y datos de dichos cruceros, y existen bases de datos de los resultados obtenidos. También se han obtenido muestras, materiales y datos de otras zonas del país como las costas occidentales de Baja California, los Golfos de California y Tehuantepec, y el sur del Golfo de México, que se han analizado sistemáticamente. Al mismo tiempo, se ha logrado el establecimiento de cultivos de especies de fitoplancton, sobre todo de diatomeas, procedentes de varios puntos del Pacífico mexicano, cuya morfología, ciclos de vida y filogenia molecular se han estudiado con cierto detalle. Los estudiantes que trabajan en el laboratorio desarrollan sus tesis o trabajos de investigación sobre estudios de la estructura básica de las comunidades de fitoplancton marino (composición, abundancia y distribución), sobre la morfología y taxonomía de las especies cultivadas, o estudiando la comunidad del picofitoplancton por medio de análisis en citometría de flujo o de pigmentos fotosintéticos. Se han encontrado, descrito y publicado varias especies nuevas para la ciencia, sobre todo dinoflagelados, diatomeas y Parmales.