Entre las líneas de investigación que abordan los investigadores de la Unidad está el uso sustentable de los recursos de la zona marina y costera, el estudio de la diversidad biológica en agua y fondos marinos desde la zona costera al mar profundo, la calidad ambiental del agua en cuerpos de agua epicontinentales, costeros y oceánicos, el modelaje de las corrientes marina de ambos litorales mexicanos escenarios de la distribución y migración de organismos marinos y contaminantes,  Asimismo, con la finalidad de encontrar fármacos con utilidad médica, en nuestra unidad se llevan investigaciones prospectivas sobre principios activos encontrados tanto en actino bacterias como en venenos de caracoles marinos.