La mayor parte de la planta académica de la UAMaz trabaja en campos de conocimiento relacionado con la Biología Marina, como son la sistemática, y taxonomía, la biogeografía, la ecología y la eco fisiología, la evolución, y el comportamiento y conservación de vertebrados, el manejo y conservación de ecosistemas costeros como humedales y manglares, etc., integrando varias líneas y niveles de organización biológica: desde individuo a ecosistemas.

A escala macro y micro geográfica se estudian patrones relacionados con la distribución, diversidad, sistemática, perturbaciones y estructura de poblaciones y comunidades, en aguas someras y profundas. A nivel funcional se analizan los cambios en la composición y estructura de comunidades animales y vegetales ante distintas perturbaciones, y el cambio climático.

Los académicos vinculados con esta área de conocimiento pretendemos contribuir a un mejor entendimiento de la estructura y el funcionamiento de ecosistemas costeros importantes como humedales, manglares, arrecifes coralinos, ecosistemas rocosos, mar profundo, etc., para proveer bases sólidas para la biología de la conservación, impulsar, desarrollar y fortalecer la investigación científica interdisciplinaria en las diferentes líneas de estudio en las que se encuentra, promoviendo un escenario académico adecuado donde los estudiantes y profesores puedan desarrollar proyectos de investigación. Muchos de los académicos comparten enfoques semejantes en cuanto a las posibilidades que proporcionan los estudios moleculares para profundizar en el estudio de la filogenia, la sistemática, la evolución y la ecología de los seres vivos.

 Entre las áreas de investigación se destacan principalmente: