El laboratorio lleva a cabo actividades de investigación y formación de recursos humanos para el conocimiento de la distribución y estructura del manglar y otros humedales costeros y su relación con los parámetros ambientales donde se destaca su vinculación con el hidroperiodo y los aportes fluviales. Así como determinar su grado de conectividad con otros ecosistemas como vendrían a ser los estuarios, pastos marinos, macroalgas, bajos de marea, ríos y la zona marina adyacente así como con sus recursos naturales en particular las pesquerías.
También se imparten cursos de capacitación técnica de personal técnico y administrativo responsable del manejo de recursos naturales como de áreas naturales protegidas, ONG´s, comunidades pesqueras y vinculadas al sector forestal.
Se realizan proyectos de restauración del manglar mediante la manipulación hidrológica y reforestación con plantas de vivero a través de la construcción de canales y terrazas apoyados en modelos hidrológicos. Adicionalmente se realizan experimentos relacionados con el uso tanto en suelo como de forma hidropónica de plantas de manglar para la remoción de nutrientes como sistemas económicos de tratamiento terciario de aguas eutroficadas.
En zonas áridas y semiáridas el manglar a pesar de su limitada distribución ha despertado interés además de su conectividad hacia los ambientes marinos su interacción hacia los ecosistemas terrestres equivalente funcionalmente a un oasis costero.