Posteriormente, durante el período de construcción de la primera fase de las instalaciones actuales, se trasladaron las instalaciones de la Estación a un pequeño edificio de la calle Venustiano Carranza. Las instalaciones actuales de la Unidad Académica Mazatlán, fueron inauguradas el 3 de noviembre de 1976. Fue hasta el 11 de marzo de 1999, fecha en que el Consejo Técnico de la Investigación Científica aprobó el Reglamento Interno del Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, que surge la Unidad Académica Mazatlán del mismo Instituto. En 1999, y según consta en el Diario Oficial de la Federación, Tomo DLV No. 7 del 9 de diciembre de 1999, fue donada al Instituto de Ciencias del Mar y Limnología un terreno con una superficie de 73,547.87 m2 ubicado en el estero de Urías, isla Belvediere, Municipio de Mazatlán, en donde se desarrollan labores de investigación y formación de recursos humanos en las áreas y disciplinas científicas que se cultivan en la Unidad Académica Mazatlán.