El Diario de Campeche (Diario de Yucatán) publicó el 13 de junio de 1968 una nota sobre la creación de la Estación de Biología Marina en Ciudad del Carmen. La nota menciona que el Dr. Agustín Ayala-Castañares, director del Instituto de Biología, se reunió con el gobernador del Estado de Campeche, Carlos Sansores Pérez; El Rector de la Universidad del Carmen, el Dr. Sebastián Rodríguez Ramos; Y Ing. Ricardo Monges López, en representación de la UNAM, a principios de junio de 1968 en Ciudad del Carmen. El objetivo de la reunión fue discutir la creación de un centro de biología marina. El centro contaría con el apoyo financiero de una alianza de tres entidades, entre el gobierno del Estado, la Universidad del Carmen y la UNAM. La ubicación de Isla Aguada o Puerto Real, al este de Ciudad del Carmen, se había seleccionado sobre la base de "un sitio estratégico con condiciones hidrográficas específicas" según los conocimientos de los expertos. El gobierno estatal cubriría el costo de los edificios y se beneficiaría en los próximos años de la extracción "intensiva" de recursos pesqueros que conduciría a un aumento en el número de astilleros y en la industria pesquera.
Este encuentro histórico sería el inicio de un largo viaje en la consolidación de la estación marina de la UNAM en Ciudad del Carmen, establecida como estación del Instituto de Biología en Playa Norte en los años 1968-70 y nombrada Estación de Investigaciones Marinas '' El Carmen '' (Rectoría Asuntos Generales). El nombre original fue cambiado en apoyo de lo que describiría mejor las actividades a realizar (Ayala-Castañares, 1969b). Lo más probable es que el nombre en el sitio de las instalaciones de Playa Norte, estuviera relacionado con un estatus académico / administrativo. En 1973, cuando el Centro de Ciencias del Mar y Limnología (CCML) procedía del Instituto de Biología, la estación de Ciudad del Carmen se convirtió en una de las subunidades del CCML. Un nuevo complejo de laboratorio y vivienda fue construido en Estero Pargo poco antes de que el Centro de Ciencias Marinas y Limnología evolucionara hasta convertirse en el actual instituto a principios de los años 80.