La estación en Carmen, se encuentra asentada dentro del área natural protegida Laguna de Términos, se ubica en la zona costera del estado de Campeche, entre el Río San  Pedro y San Pablo al occidente y el área de drenaje del Estero de Sabancuy hacia el oriente.  Geopolíticamente, el área se encuentra ubicada en los municipios de Palizada, Carmen y  Champotón. Esta región es parte del complejo ecológico de la planicie costera que controlan los procesos  deltaicos del sistema de los ríos Grijalva - Usumacinta, el de mayor volumen de descarga de agua  dulce y sedimentos terrígenos hacia el mar en todo el país. Sus sistemas pantanosos o  humedales, junto con los de Tabasco, forman la unidad ecológica costera más importante de Mesoamérica por su productividad natural y biodiversidad.

Las áreas de investigación que se desarrollan están relacionadas con temáticas importantes en torno al ecosistemas lagunar y la plataforma continental adyacente para mejor manejo de los recursos costeros.