Cuenta con 1100 volúmenes que incluyen libros de referencia como enciclopedias, diccionarios y manuales. Su colección de libros está clasificada dentro de cuatro líneas principales del conocimiento: Geología arrecifal, Ecología, Fisiología y Bioquímica. Se incluyen libros sobre Biología Marina, Oceanografía Química, Física y Geológica que sirven de textos de consulta para las clases del posgrado en Ciencias del Mar, que se imparten en la Unidad.  Se cuenta también con libros especializados en  Biología molecular, Botánica marina,  Ecología, Zoología, Toxicología marina, Farmacología, Zooplancton y Fotobiología. Además de libros de temas generales como Historia natural, Biología, Bioestadística, Biometría, Bioquímica, Fisiología, Genética, Química, Física y Geología. Asimismo está disponible también la colección de revistas científicas en formato físico, entre los que destacan la revista Science, Nature, Proceedings of The Royal Society of London Biological Sciences, Serie B, Journal of Plankton Research, Trends in Ecology and Evolution, Microbiology and Molecular Biology Reviews, Global Change Biology, Journal of Photochemistry and Photobiology, Annual Review of Biochemistry, Annual Review of Plant Biology, Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics.

La colección de tesis incluye trabajos de Maestría y Doctorado en Ciencias (65% del total del catalogo);  que se han desarrollado en el Caribe mexicano. La colección de mapas  cuenta con mapas del INEGI y cartas batimétricas de la DMA (Defense Mapping Agency ) y de la NOAA de la zona de la  Peninsula de Yucatán, principalmente. Contamos también con DVD de programas de TV -UNAM así como otros de la BBC de Londres en español y de otras dependencias de la UNAM.