La pesca depende del uso de recursos acuáticos renovables. Debido a que estos recursos son finitos, es necesario desarrollar métodos de manejo que permitan su utilización a largo plazo. Hasta recientemente, los recursos pesqueros se han manejado basándose en la dinámica poblacional de las especies explotadas. Considerando que esta manera de manejo ha demostrado que no es adecuada (se sabe que una cuarta parte de los recursos pesqueros a nivel mundial están severamente sobre explotados), actualmente se considera un manejo pesquero basado en el ecosistema, en donde se consideran todas las especies del mismo, y no solo las que se explotan. En este sentido en el Laboratorio de Ictiología y Pesquerías se llevan a cabo investigaciones de ecosistemas estuarinos y costeros, que es la zona en donde se llevan la mayoría de las actividades pesqueras del país, con el fin de aportar conocimiento que permita alcanzar un manejo ecosistémico de los recursos acuáticos de México.
Los proyectos que se desarrollan actualmente son de ecología trófica y transferencia y rutas de energía, la importancia de los sistemas de manglar en los ciclos de vida de los peces, y su relación con la productividad en el mar, así como patrones migratorios de peces mediante el uso de microquímica de estructuras óseas o cartilaginosas. Adicionalmente se trabaja en temas de contaminación y cambio climático y su efecto en ecosistemas marinos y pesquerías con colegas de otras instituciones.