Este laboratorio soporta los diversos estudios sobre la biogeoquímica ambiental de los ecosistemas acuáticos en el tema de contaminación acuática de los ecosistemas costeros y de cuerpos de agua epicontinentales del país. Ha permitido la formación de recursos humanos de alto nivel en el campo de las ciencias del mar y la biogeoquímica ambiental con contribuciones al conocimiento específicas sobre la contaminación por metales pesados en la zona costera (bioacumulación, biomagnificación, ciclaje, etc.), capacidad de retención de contaminantes (metales y nutrientes) de los humedales, Eutrofización costera, calidad del agua e impacto ambiental de la camaronicultura, uso sostenible del agua y mitigación de la contaminación generada por la acuacultura, ganadería y agricultura.