Actualmente, se realizan investigaciones relacionadas con la sistemática de esponjas, mediante la combinación de la taxonomía tradicional basada en morfología y los marcadores moleculares (secuencias de ADN). Esto para evaluar la congruencia entre caracteres y abordar problemas sistemáticos imposibles de resolver mediante un solo enfoque, por ejemplo, en la discriminación de especies crípticas o complejos de especies hermanas (sibling species). Los análisis combinados son de gran ayuda en el entendimiento de la evolución morfológica de las especies y de los procesos que intervienen en la especiación en los océanos.
También, se trabaja en la generación de códigos de barras de ADN (barcoding) de esponjas y otros invertebrados, con la finalidad de facilitar e impulsar el conocimiento de la biodiversidad de estos grupos y su posible aprovechamiento biotecnológico.
En el campo de la ecología, se abordan temas sobre estructura y flujo genético entre poblaciones de invertebrados marinos, con la finalidad de entender los mecanismos de dispersión, así como su conectividad demográfica.