La Estación se encuentra establecida en uno de los esteros que desembocan en la Laguna de Términos, convirtiéndola en un laboratorio natural en el ecosistema más importante de la región. Cuenta con 2 lanchas equipadas con motores fuera de borda y con una unidad habitacional de 12 habitaciones que le permite brindar estancia hasta 25 alumnos e investigadores de Universidades Nacionales y Extranjeras. Además, cuenta también con tres laboratorios, sala de usos múltiples y auditorio.

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