La UNINMAR fue creada como parte del Sistema de Informática para la Biodiversidad y el Medio Ambiente (SIBA) de la UNAM, siendo apoyado por el programa Investigación Multidisciplinaria de Proyectos Universitarios de Liderazgo y Superación Académica (IMPULSA) establecido el 15 de diciembre de 2004.
Por los objetivos con los que fue constituida, la UNINMAR se define como la unidad encargada de ordenar, sistematizar, estandarizar y publicar en Internet la información biológica, geográfica y ambiental que el ICML ha producido. Por tal motivo, la UNINMAR ha diseñado, desarrollado e implementado herramientas informáticas para la digitalización, almacenamiento y difusión que facilitan la integración de la información recopilada por las distintas áreas que conforman el ICML.